Son Ye-jin sinh ra tại Suseong-gu, Daegu, Hàn Quốc với tên khai sinh là Son Eon-jin (손언진) trong gia đình cô còn có một chị gái.[4]

Năm 1999, cô được giới thiệu với các công ty giải trí và tham gia đóng những quảng cáo đầu tiên. Ngoài ra cô cũng đi từ quê nhà Daegu lên Seoul để học các lớp diễn xuất 1 tuần 1 buổi.[5] Năm 2000, cô chuyển đến Seoul để học khoa Điện ảnh của Học viện Nghệ thuật Seoul (Seoul Institute of the Arts).